El Subsistema de Cooperación Internacional tiene la finalidad de coordinar la cooperación de otros países, la cooperación hacia otros países y  la cooperación de organizaciones internacionales, con el fin de alcanzar su mejor utilización dentro de los lineamientos de la política exterior y los planes de desarrollo.

El Subsistema de Planificación Regional tiene la finalidad de coordinar la planificación del desarrollo regional, de largo, mediano y corto plazo con especial atención en la planificación territorial regional y en la disminución de los desequilibrios territoriales.

El Subsistema de Inversiones Públicas tiene la finalidad de lograr una utilización óptima de los recursos públicos que se destinan a la inversión pública para el cumplimiento de los objetivos estatales, conforme con criterios de economía, efectividad, gradualidad y calidad de los proyectos de inversión. Está conformado por las instituciones según lo establecido en el artículo 3º del Reglamento General del Sistema Nacional de Planificación; todo el Sector Público, incluyendo las empresas públicas, con excepción de los órganos o entes con autonomía

El Subsistema de Gestión Pública tiene la finalidad de fortalecer las capacidades de las instituciones del SNP para hacer efectivos los procesos de gestión pública, con el propósito de lograr el mejor cumplimiento de los objetivos del SNP.